En 2285, au cours de leur mission de sauvetage sur Genesis, l’Enterprise a été détruit. C’est donc aux commandes d’un oiseau de proie Klingon volé que Kirk, Spock, McCoy, Sulu,…
Le capitaine Kirk et son équipage volent l’USS Enterprise pour tenter de récupérer le corps de Spock, qui s’est sacrifié lors du combat contre Khan.